南宋建炎三年（1129），金兵再次南侵。宋高宗赵构无奈往南逃奔，一路经过镇江、平江，来到杭州，改杭州为临安府。同年冬，因为金兵仍然穷追不舍，被迫又从杭州经越州（绍兴）、明州（宁波）、定海，乘船入海后，于建炎四年（1130）正月至三月，漂泊到温州避难。

具体行程如下：宋高宗船队自台州章安镇继续南下，正月二十日停泊在瓯江口青澳门（今洞头大门岛）；次日，泊温州港口；二十三日，御舟到达乐清琯头，又泊瓯江南岸；二十六日，登陆后驻福圣寺（在今龙湾区金岙），住了七天；至二月初二日，御舟至温州江心屿，驻跸江心普寂禅院。当时的江心双屿还是分隔的，东有普寂禅院，西有净信教院。高宗敕改寺额，改普寂禅院为龙翔禅院，改净信院为兴庆寺。书写了“清辉”“浴光”，今“清辉”碑仍嵌在江心寺殿东侧壁间。

高宗还向御史中丞赵鼎询问温州知名人士，赵鼎推荐了吴表臣和林季仲。高宗随后在普寂禅院召见他们，任命吴表臣为监察御史，赵鼎推荐林季仲为台官。温籍官员薛弼谒见宰相建言献策，都被采纳。吴表臣字正仲，大观三年进士，周行己学生，治《周礼》，北宋亡后回到家乡。林季仲号竹轩，许景衡之高弟，宣和三年上舍及第，著有《竹轩杂著》，其文力持正论，深切时弊。薛弼，政和二年进士。

二月十七日，高宗一行从江心屿移跸温州城内，当时“御驾自拱北门入，民家门首皆彩额焚香，奉迎至永宁桥，百官万姓父老拜伏道旁，山呼震地”。

金兵往北退至镇江后，朝廷决定离开温州北上。三月十七日，宋高宗“驾诣天庆宫朝辞九庙，宰执百官扈从”。十八日，在百官护送下，高宗在城西北定安门下瓯江登船北上，“百官万姓父老随驾至江次，山呼俯伏，瞻恋垂泣。上停驾慰谕久之，始登舟而去”。

至绍兴八年（1138），宋高宗到达临安府，建立朝廷，此后定都在此，历经一百多年。史家习称南宋。

后来考中进士第一的王十朋，当时19岁，还写诗记载宋高宗驾临温州的情景与他的心情，《驾幸温州次僧宗觉韵》载：“圣主南巡驻六飞，邦人咫尺见天威。间关高帝尚鞍马，谨厚汉光犹绛衣。北斗城池增王气，东瓯山水发清辉。伫看天仗还京阙，无复旄头彗紫微。”

由于宋高宗驻跸温州，朝廷把景灵宫祖宗神御迁于温州开元寺，将万寿观、会圣宫、章武殿神御也迁至温州天庆观奉安。温州寺观成为皇家历代神主安奉祭祀的场所。直至绍兴十三年（1143），宋祖宗神御才从温州由海道运抵杭州，而后宫女眷早在绍兴四年（1134）十月先离开温州。

至绍兴七年（1137），江心屿兴庆教院并归龙翔禅院，宋高宗赐名“龙翔兴庆”。江心东西二禅院原来相对峙，“江流中贯，断岸百尺”。郡守李光请示朝廷，合二院为一，并奉敕请真歇清了禅师开山龙翔兴庆寺。清了（1088-1151）率众填塞中川，连两屿为一，并建江心寺。徐照诗《题江心寺》：“两寺今为一，僧多外国人。”江心寺被认为宋代十大名刹之一。

南宋统治领域比北宋缩小，官僚机构也比北宋精简，但南宋朝廷振兴江南文风，奖励各种经济发展，以至于农耕进步，手工业兴盛，海外贸易蓬勃。当时江南地区是经济最发达的地区，临安作为南宋都城，也是最大的商业城市。都城以南的温州，一跃成为“次辅郡”，在此时期城市人口骤增，手工业与商业发达，朝廷还在温州设立市舶务，辟温州为对外通商口岸。

胡珠生先生在《温州古代史》书中认为：这次驻跸，对温州的影响既重大又深远。就郡望说，以北宋元丰时的“僻远下州”上升为“次辅郡”“其选太守，盖多名卿大夫”“间岁贡士，郡试且万人”。就人才说，从高宗称赞许景衡“忠直至诚，遇事敢言，无所回避”，起用吴表臣、林季仲、薛弼、薛徽言等任要职，从此温州人才蔚起，坚决抗金，和国家同命运。就移民说，大批王室、外戚和文武官员此后定居温州，形成南宋温州第一次移民高潮；这次定居人士大都拥有巨额财富和高度文化，有利于社会经济和文化艺术的迅速发展。就太庙神主和累朝神御的奉祭来说，每年多次祭祀，派大员主持，财力雄厚，参与官员众多，仪式隆重，惊动全城，促使民风民俗日趋敦厚，当地学者对“三礼”之学充分重视。